Podstawowym aktem prawnym ogłoszonym już w 1977 roku jest dyrektywa 77/93/EWG, która została zastąpiona dyrektywą 2000/29/WE. Dyrektywa ta dotyczy środków ochronnych przed wprowadzeniem do wspólnoty oraz przed rozprzestrzenieniem we wspólnocie organizmów szkodliwych dla roślin lub produktów roślinnych. Niniejsza dyrektywa zawiera kilka załączników, pierwszy z nich w części A wymienia organizmy, których wprowadzanie lub rozprzestrzenianie we wszystkich krajach członkowskich jest zakazane natomiast w części B organizmy, których wprowadzanie lub rozprzestrzenianie zakazane jest tylko w niektórych strefach chronionych. Drugi załącznik analogicznie do pierwszego podzielony jest na część A oraz B i wymienia organizmy szkodliwe, których wprowadzanie lub rozprzestrzenianie na terenie całej wspólnoty (część A) lub w strefach chronionych (część B) jest zabronione jeśli występują na niektórych roślinach lub produktach roślinnych. Trzeci załącznik wymienia wszystkie rośliny, produkty roślinne oraz przedmioty, objęte zakazem wprowadzania we wszystkich państwach członkowskich (część A) lub w poszczególnych strefach ochronnych (część B). Załącznik czwarty precyzuje z kolei wymogi dotyczące wprowadzania i przemieszczania roślin, produktów roślinnych i innych przedmiotów w państwach członkowskich lub niektórych strefach członkowskich. Pozostałe załączniki (5 - 7) dotyczą kontroli fitosanitarnych oraz świadectw fitosanitarnych.

Dyrektywa komisji 2008/61/WE ustanawiająca warunki, zgodnie z którymi niektóre organizmy szkodliwe, rośliny, produkty roślinne i inne wymienione w załącznikach I–V do dyrektywy Rady 2000/29/WE mogą być wprowadzane do Wspólnoty lub niektórych jej stref ochronnych lub przemieszczane we Wspólnocie lub w takich strefach celem przeprowadzenia prób lub do celów naukowo-badawczych i do prowadzenia prac nad tworzeniem odmian roślin. W jednym z załączników do niniejszej dyrektywy wymieniono warunki jakie muszą spełniać obiekty, w których prowadzone są badania z organizmami kwarantannowymi.

Kolejnym aktem prawnym, który bezpośrednio dotyczy działalności Centrum Badań Organizmów Kwarantannowych, Inwazyjnych i Genetycznie Zmodyfikowanych jest dyrektywa 98/81/WE dotycząca zamkniętego użycia mikroorganizmów zmodyfikowanych genetycznie (GMM). Zawarte są w niej regulacje dotyczące samej pracy z GMM oraz zasady oceny ryzyka. Dyrektywa wymienia również techniki modyfikacji genetycznych prowadzących do powstania GMM. Załącznik czwarty do niniejszej dyrektywy wymienia środki ograniczające rozprzestrzenianie GMM oraz inne środki ochronne dla wszystkich czterech poziomów bezpieczeństwa biologicznego.