Najważniejszym aktem prawnym normującym kwestie związane nie tylko z organizmami kwarantannowymi ale całą ochroną roślin jest ustawa o ochronie roślin z dnia 18 grudnia 2003 r (Dz. U. 2008 r., Nr 133, poz. 849). Podaje ona wytyczne ochrony roślin przed organizmami szkodliwymi, dopuszczania środków ochrony roślin do obrotu oraz substancji aktywnych do stosowania w środkach ochrony roślin, a także zapobiegania zagrożeniom dla zdrowia człowieka, zwierząt oraz dla środowiska, które mogą powstawać w wyniku obrotu i stosowania środków ochrony roślin. Precyzuje ona także zadania Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin i Nasiennictwa.

W ustawie podano definicję organizmu kwarantannowego oraz wprowadzono obowiązek zwalczania tych organizmów. Zostały w niej uregulowane kwestie związane z przeprowadzaniem kontroli fitosanitarnych oraz sposobu postępowania w przypadku wystąpienia lub podejrzenia wystąpienia organizmów kwarantannowych. W akcie tym podano także wytyczne postępowania w celu ograniczania ewentualnego rozprzestrzeniania tych organizmów na terenie kraju. Poruszona jest także kwestia zaopatrzenia roślin lub produktów roślinnych, które są wyprowadzane, przemieszczane lub wprowadzane na teren Rzeczypospolitej Polskiej w odpowiednie dokumenty tj. paszport roślin, świadectwo fitosanitarne lub inne dokumenty przewidziane w przepisach Unii Europejskiej oraz precyzuje jakie informacje muszą się znaleźć w takich dokumentach i w jaki sposób należy oznakować takie przesyłki.

Ustawa dopuszcza możliwość wprowadzania, przemieszczania, hodowania oraz przechowywania na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej organizmów kwarantannowych jeśli są one przeznaczone na potrzeby Inspekcji lub podmiotów prowadzących prace naukowo-badawcze pod warunkiem, że podmioty te uzyskały pozwolenie Głównego Inspektora na prowadzenie takich prac. Pozwolenie na badania wydawane jest na wniosek zainteresowanych podmiotów pod warunkiem, że spełniają one warunki organizacyjno-techniczne uniemożliwiające rozprzestrzenienie się badanego organizmu. Ustawa podaje jakie informacje powinny się znaleźć zarówno we wniosku jak i w pozwoleniu na badania. Wprowadzanie i przemieszczanie organizmów kwarantannowych lub roślin po terytorium kraju odbywa się po uzyskaniu zgody na badania i pod warunkiem, że są one zabezpieczone przed rozprzestrzenianiem a także zaopatrzone w odpowiednie dokumenty przewozowe wydawane przez Głównego Inspektora.

Kolejnym aktem prawnym regulującym zagadnienia związane z organizmami kwarantannowym jest Rozporządzenie Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 21 lutego 2008 r.(Dz. U. 2008 r., nr 46, poz. 272) w sprawie zapobiegania wprowadzaniu i rozprzestrzenianiu się organizmów kwarantannowych. Rozporządzenie to zawiera przede wszystkim:

• wykaz organizmów kwarantannowych, w tym organizmów kwarantannowych, których wprowadzanie do stref chronionych i przemieszczanie wewnątrz tych stref jest zabronione, wraz z określeniem stref chronionych, których to dotyczy
• wykaz organizmów kwarantannowych, w tym organizmów kwarantannowych, których wprowadzanie do stref chronionych i przemieszczanie wewnątrz tych stref jest zabronione, jeśli organizmy te występują na określonych roślinach, produktach roślinnych lub przedmiotach, wraz z określeniem stref chronionych, których to dotyczy

Wykazy te są podzielone na dwie części: pierwszą, w której wymienione są organizmy kwarantannowe, których występowanie nie jest znane na terytorium Wspólnoty oraz drugą, w której podane są organizmy, których obecność jest już znana. W każdej z tych dwóch części organizmy są uszeregowane w następujący sposób

• Owady, roztocze oraz nicienie, we wszystkich stadiach rozwoju
• Bakterie
• Grzyby
• Wirusy oraz organizmy wirusopodobne
• Rośliny pasożytnicze

Kolejne wykazy w tym rozporządzeniu dotyczą m.in.:

• roślin, produktów roślinnych i przedmiotów pochodzących z państw trzecich, których przemieszczanie lub wprowadzanie na terytorium RP jest zabronione,
• wymagania specjalne wraz ze wskazaniem wymagań jakie powinny być  zawarte w świadectwie fitosanitarnym jeśli rośliny, produkty roślinne lub przedmioty są przemieszczane lub wprowadzane na terytorium RP z państw trzecich,
• wykaz stref chronionych

Warunki organizacyjno-techniczne w których mogą być prowadzone prace badawcze z wykorzystaniem organizmów kwarantannowych są określone w Rozporządzeniu Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 28 czerwca 2004 r.(Dz. U. 2004 r., nr 158, poz. 1660). W akcie tym reguluje się kwestie związane z zachowaniem bezpieczeństwa fitosanitarnego w trakcie przeprowadzania badań oraz zminimalizowania ryzyka niekontrolowanego uwolnienia do środowiska organizmów kwarantannowych.

Ponadto Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi wydał szereg rozporządzeń dotyczących zwalczania określonych agrofagów kwarantannowych, które dostępne są na stronach internetowych Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin i Nasiennictwa.