Maksymalna wielkość oglądanej próbki - 500 mm średnicy, 25 mm wysokości (w przypadku stolika standardowego); 15 mm średnicy, 15 mm wysokości (w przypadku stolika mrożącego)  - jednak zazwyczaj umieszcza się mniejsze próbki.

Obserwacja może być przeprowadzona w wysokiej próżni (<6x10^-4 Pa) lub w niskiej próżni (tzw. trybie naturalnym, środowiskowej mikroskopii skaningowej, w trybie podwyższonego ciśnienia), w której próżnia jest regulowana w zakresie od 1 do 270 Pa (tryb ten jest przydatny przy obserwacji próbek nieprzewodzących oraz silnie uwodnionych). W trybie niskiej próżni możliwe jest wykorzystanie tylko detektora BSE.

Obrazy analizowanej powierzchni zapisywane są w pamięci komputera w postaci plików graficznych (map bitowych - *.bmp) o wielkości 640x480 lub 1280x960 pikseli (jedno zdjęcie zajmuje ok. 1,2 MB pamięci), istnieje także możliwość wykonania fotografii średnioformatowym aparatem fotograficznym (klisza 6x7 cm). Na uzyskanych zdjęciach mogą znaleźć się następujące dane: data lub godzina wykonania zdjęcia, typ detektora, wartość próżni (w przypadku stosowania metody zmiennej próżni), numer zdjęcia, napięcie przyspieszające, powiększenie, podziałka, odległość robocza.